为了教学和科研工作正常进行，维护好仪器设备，提高仪器设备的完好率和利用率，实验中心制定了大型仪器设备的使用管理制度、低值易耗品管理制度、食品基础化学实验教学中心仪器设备管理制度、食品基础化学实验教学中心环保制度、实验室开放使用制度、食品基础化学实验教学中心固定资产管理制度、食品基础化学实验教学中心日常管理制度、食品基础化学实验教学中心设备的借用制度等规章制度，使大型仪器、常规教学仪器的维护、使用、管理有了相应的制度保证。并对每个实验室设置了实验室负责人，对实验室仪器设备的完好率等工作全面负责。实验中心设有专门岗位负责仪器设备的管理、维修，学院每年下拨实验中心一笔固定的设备维修费用，大型仪器的维修、运行、培训等工作按学校统一的管理制度实行。一系列完善的仪器设备管理、运行、维护制度，为正常的实验教学提供了有力的保障。

　　食品基础化学实验教学中心目前军工路和学海路校区总用房面积为2354平方米，2008年学校整体搬迁至临港新校区，实验用房面积增加到5000余平方米,使用面积在150平方米以上的大型实验室有十多个，每个学生平均使用面积4平方米以上，实验中心能同时容纳600多名学生做实验，实验室宽敞、明亮、布局合理。各专业实验室均有与校园网联接的网络端口，可以实现智能化管理。实验室经过几次改造、维修，特别使南汇学海路校区实验室属于新建实验室，在实验室安全、环保方面严格执行国家标准，实验室在通风、水电煤气的设置、污水排放、有毒有害物品的回收、应急措施的设施等方面，切实从学生和教师的安全出发，进行了精心设置，灭火器具、喷淋装置、应急出口等都在明显的地方设有标志。实验中心制定了上海海洋大学实验室安全卫生管理规则、危险品仓库安全制度、食品基础化学实验教学中心环保制度、食品基础化学实验教学中心日常管理制度等规章制度，并对每个实验室设置了实验室负责人，对实验室的安全、卫生等工作全面负责。学生进入实验室之前，都要进行认真的安全教育。有关的实验室安全守则，都置于实验室显著的位置。由于有良好的环境和安全设施，加之实验中心高度的安全警惕性，实验中心未发生一起学生安全事故。